应先通过合作协议明确各方贡献、著作权归属、申请代表、后续升级和对外许可权限。依登记规则，合作开发的软件可由全体著作权人协商确定代表办理；申请资料仍应如实注明其他权利人。不能把一方负责提交申请理解为其独占全部权利。